مجموعه حرم حضرت معصومه (س) در مركز شهر قم يكي از بزرگترين و ارزشمندترين آثار معماري اسلامي ايران و جهان است كه يادگارهاي گرانبهايي از قرون مختلف را در بر دارد . اين مجموعه بر مزار حضرت فاطمه - دخت امام موسي كاظم (ع) و خواهر امام رضا (ع) - ملقب به معصومه بنا گرديده است . پس از آنكه آن حضرت به خاك سپرده شد ، موسي بن خزرج بر مزار مطهر وي سايباني از بوريا بر پا داشت ولي به مرور زمان ، مردم قبه‌اي با آجر و گچ به صورت برج بر تربت وي بنا كردند .
اين امر باعث شد كه هرگاه يكي از زنان خاندان موسي بن مبرقع وفات مي‌يافت در جوار مرقد و تربت منور ستي فاطمه (س) دفن مي‌گرديد و لذا قبه‌اي كه چهار نفر در زير آن مدفون بودند ايجاد شد ، به مرور دو قبه ديگر در كنار قبه اوليه بر پا شد ، در سال 447 ه.ق وزير طغرل به نام ميرابوالفضل كه مردي ديندار بود ، قبه‌اي بر فراز سه قبه مذكور بنا نهاد كه ارتفاع آن 14 متر بود . در عصر صفوي حرم حضرت معصومه داراي چهار صحن بود كه پشت سر هم قرار گرفته بود و زائرين از يكي از صحن‌ها وارد و از ديگري خارج مي‌شدند . در عصر قاجار ، فتحعلي شاه به قم و آستانه مقدسه توجهي خاص مبذول داشت . چنان كه تزئينات ، رواق‌ها و بيوتات فعلي حرم اغلب به آن دوره تعلق دارند . در حال حاضر ابنيه آستانه مباركه عبارتند از :
حرم : بناي فعلي حرم توسط شاه بيگم در سال 925 ه.ق ساخته شده است . قاعده حرم به صورت هشت ضلعي غير متساوي و داراي هشت صفه است . پس از اين بخش ، قاعده گنبد و سقف با مقرنس‌هاي تزئيني قرار دارد . كتيبه‌اي سراسري از كاشي معرق به خط ثلث طلايي و سفيد ميان دو حاشيه كاشي فيروزه‌اي تعبيه شده است . متن اين كتيبه چند حديث نبوي در ستايش از پيروان خاندان پيامبر است . همچنين كتيبه ديگري به خط ثلث برجسته ، گچبري شده كه متن آن ، مدح حضرت علي (ع) و آيات قرآني به تاريخ 1251 ه.ق است .
برفراز بنا ، گنبدي با ارتفاع 16 متر برپاست كه در سال‌هاي 1215 - 1218 ه.ق به دستور فتحعلي شاه به جاي گنبد پيشين ساخته شده است . مرقد مطهر امروزه در ميان دو ضريح از ديد پنهان است . اين مرقد با كاشي‌هاي بسيار نفيس و زيبايي در اواسط قرن هفتم هجري پوشيده شده كه تنوع و استادي قابل ستايشي در انجام آنها بكار رفته است . در جنوب روضه منور ، پس از عبور از رواق جنوبي ، گنبد بزرگي است كه پيشتر «صحن‌زنانه» خوانده مي‌شد و اكنون «مسجد موزه» نام دارد . پوشش سقف و قاعده گنبد و محراب با كاشيكاري زيبا ، بديع و كتيبه‌هاي متعددي تزئين گرديده است .
در جهت شمالي روضه منوره ايوان طلا از ساخته‌هاي شاه بيگم - دختر شاه اسماعيل در سال 925 ه.ق قرار دارد ، اين ايوان ازاره كاشيكاري عصر صفوي دارد و برفراز آن دو مأذنه استوانه‌اي استوار شده است . در مدخل حرم ، از جانب شرقي نيز ايواني به بلندي ايوان طلا قرار دارد كه به "ايوان آيينه" معروف است و اثري هنري و نفيس از معماري دوره قاجار بشمار مي‌آيد . در جلوي ايوان ، فضاهاي سرپوشيده شكوهمند و بديعي قرار دارد .
صحن جديد : اين صحن در شرق حرم واقع شده و توسط ميرزا علي اصغرخان امين السلطان بنا گرديده است . گرداگرد اين صحن بيش از 30 بقعه كوچك و بزرگ بنا شده كه مهمّترين آنها ، مدفن خود ميرزاعلي اصغرخان است كه به ايوان آن چسبيده است . صحن نو دو قسمت پيوسته دارد . قسمت بزرگتر ، هشت گوشه نامنظم و قسمت كوچكتر به صورت زايده‌اي در ميان ضلع شرقي به شكل پنج گوشه است . گرداگرد صحن ، بالاي ايوان‌ها ، كتيبه‌اي از كاشي خشتي با زمينه لاجوردي قرار دارد كه بر آن دو قصيده از فتح الله شيباني كاشاني نوشته شده است . اين صحن گذشته از ايوان آيينه ، سه ايوان ديگر در اضلاع شرقي ، شمالي و جنوبي دارد . ايوان شرقي از عناصر بسيار نفيس اين صحن است . پوشش سقف ايوان ، مقرنس زيباست كه با كاشي طلايي رنگ آراسته شده است . بر فراز اين ايوان ، 2 گلدسته زيبا و يك برج ساعت احداث شده است . در طرفين اين ايوان ، دو راهرو وجود داشت كه اكنون به مقبره تبديل شده است . صحن نو در سه جانب شرق ، شمال و جنوب ، سه درگاه ورودي دارد كه در هر سه سو با كاشيكاري آراسته شده است .
صحن عتيق : اين صحن توسط فتحعلي شاه قاجار ، جايگزين دو صحن كوچك دوره صفوي شده است . در ضلع جنوبي اين صحن ، ايوان طلا و ايوان‌هاي دو سوي آن و در سه جانب ديگر ، 16 بقعه از جمله مقابر دو پادشاه قاجار قرار دارد .
گرداگرد صحن عتيق و بر فراز پيشاني ايوان‌ها ، كتيبه جديدي از قصيده معجزيه ناطق اصفهاني تعبيه شده است كه به مناسبت تذهيب گنبد در سال 1218 ه.ق سروده شده بود . مدخل اين صحن از شمال ، سر در باشكوهي از دوره شاه طهماسب صفوي در جانب مدرسه فيضيه و ايواني از دوره قاجار در داخل صحن دارد . ايوان شمالي صحن عتيق با سقف مقرنس و بدنه گچي ساده ، روبروي ايوان طلا قرار دارد . ايوان جنوبي با دو تختگاه ، از آثار نفيس دوره صفوي است . در اين قسمت ، كتيبه‌اي به شعر نوشته شده است .
مقابر پادشاهان ، در مجموعه حرم حضرت معصومه (س) ، تعدادي از شاهان و شاهزادگان صفوي و قاجاري مدفون هستند كه بناي مزار آنها از جمله آثار تاريخي و هنري اين مجموعه محسوب مي‌گردد كه در مبحث آرامگاه‌ها مورد اشاره قرار گرفتند .